Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC18.21■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP39Q53GS9 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms