Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 LINC01336-202ENST00000506086 479 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AC069262.1-201ENST00000539058 672 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 RBM7-207ENST00000544582 692 ntTSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AC190387.1-201ENST00000551683 408 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 LMO7-AS1-202ENST00000568735 467 ntTSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AC073592.4-201ENST00000623827 446 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AMHR2-202ENST00000379791 1437 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AC005498.2-205ENST00000593218 784 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 NQO2-203ENST00000380441 1021 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC23.75■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.2 ms