Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AL110118.2-203ENST00000557574 554 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AC136632.2-201ENST00000512891 861 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 CDC42EP4-206ENST00000581014 737 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
COL4A3Q01955 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.8 ms