Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 KCNT1-202ENST00000371757 4717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 GHDC-202ENST00000414034 2496 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 KCNMA1-261ENST00000639486 8850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SOCS7-201ENST00000612932 7857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 ADGRG2-209ENST00000379876 4779 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.6 ms