Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIG1P18858 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 BFSP1-205ENST00000536626 2075 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 SLC9A1-203ENST00000374086 2183 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIG1P18858 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIG1P18858 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIG1P18858 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIG1P18858 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIG1P18858 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIG1P18858 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIG1P18858 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIG1P18858 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIG1P18858 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIG1P18858 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
LIG1P18858 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIG1P18858 CD24-204ENST00000619133 2513 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIG1P18858 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIG1P18858 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIG1P18858 ABCB9-207ENST00000442833 2587 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIG1P18858 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIG1P18858 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIG1P18858 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIG1P18858 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIG1P18858 MAP7-203ENST00000438100 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIG1P18858 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIG1P18858 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.91
LIG1P18858 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIG1P18858 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIG1P18858 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIG1P18858 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIG1P18858 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIG1P18858 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIG1P18858 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIG1P18858 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIG1P18858 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIG1P18858 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIG1P18858 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIG1P18858 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIG1P18858 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.3 ms