Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms