Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SDC1P18827 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SDC1P18827 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SDC1P18827 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SDC1P18827 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SDC1P18827 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SDC1P18827 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SDC1P18827 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SDC1P18827 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SDC1P18827 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SDC1P18827 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SDC1P18827 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SDC1P18827 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SDC1P18827 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SDC1P18827 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SDC1P18827 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms