Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SYNE4Q8N205 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 HMGN1P19-201ENST00000436976 333 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SYNE4Q8N205 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.4 ms