Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 HECTD2-204ENST00000446394 4939 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 FLYWCH1-203ENST00000416288 4963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 SLC8A3-203ENST00000357887 5259 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 DCAF17-211ENST00000539783 5623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 158.7 ms