Protein–RNA interactions for Protein: O15259

NPHP1, Nephrocystin-1, humanhuman

Predictions only

Length 732 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP1O15259 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 AC116407.3-201ENST00000623905 1129 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 MAGI3-203ENST00000369615 6508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 CAMK2D-201ENST00000296402 5820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP1O15259 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP1O15259 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP1O15259 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP1O15259 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP1O15259 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP1O15259 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP1O15259 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP1O15259 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP1O15259 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP1O15259 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP1O15259 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP1O15259 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP1O15259 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP1O15259 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP1O15259 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP1O15259 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP1O15259 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP1O15259 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms