Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 LARP4-210ENST00000522085 1577 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC27.24■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC27.23■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC27.23■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC27.23■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC27.22■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC27.22■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC27.22■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC27.21■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
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