Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 MYL6-203ENST00000536128 1221 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms