Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AC011840.1-202ENST00000436477 1351 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 BX005266.1-201ENST00000473402 457 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 LINC02387-201ENST00000541749 868 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 CLN3-255ENST00000637100 1284 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AC005281.1-201ENST00000433040 911 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AL359644.1-202ENST00000637541 571 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 GSTZ1-202ENST00000349555 867 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.8 ms