Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SDC1P18827 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SDC1P18827 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.1 ms