Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXC11O43248 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms