Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
DKK3Q9UBP4 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
DKK3Q9UBP4 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
DKK3Q9UBP4 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.51
DKK3Q9UBP4 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
DKK3Q9UBP4 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
DKK3Q9UBP4 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
DKK3Q9UBP4 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DKK3Q9UBP4 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DKK3Q9UBP4 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
DKK3Q9UBP4 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DKK3Q9UBP4 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DKK3Q9UBP4 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DKK3Q9UBP4 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DKK3Q9UBP4 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
DKK3Q9UBP4 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.3 ms