Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC24.64■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC24.64■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 PIGBOS1-201ENST00000436697 866 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 AC131097.3-202ENST00000439270 331 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 TIMM17B-208ENST00000495490 939 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 AC119403.1-201ENST00000520090 776 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 RPS17-201ENST00000330244 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
NPHP3Q7Z494 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.2 ms