Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL6A1P12109 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 KRT18P27-201ENST00000427733 1299 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 CALY-203ENST00000368558 825 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 TIMM17B-208ENST00000495490 939 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
COL6A1P12109 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms