Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXC11O43248 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXC11O43248 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms