Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC22.25■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 CTDP1-201ENST00000075430 3538 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 AL596257.1-201ENST00000641463 2694 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 IFRD1-202ENST00000403825 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 SLC19A2-202ENST00000367804 2976 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 NFATC4-211ENST00000554344 2955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 BAP1-202ENST00000460680 3937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 HNF1B-202ENST00000614313 1819 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 HNF1B-203ENST00000617272 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 LINC01502-201ENST00000445997 2471 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 AQP10-203ENST00000484864 2262 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 AFG3L2-201ENST00000269143 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 SRGAP2B-207ENST00000641863 2367 ntAPPRIS P5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 ADRA1A-204ENST00000380573 2548 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRPF3Q9ULD4 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms