Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
LHX3Q9UBR4 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms