Protein–RNA interactions for Protein: Q96K76

USP47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, humanhuman

Predictions only

Length 1,375 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP47Q96K76 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP47Q96K76 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP47Q96K76 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
USP47Q96K76 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP47Q96K76 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
USP47Q96K76 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
USP47Q96K76 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
USP47Q96K76 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP47Q96K76 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP47Q96K76 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP47Q96K76 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.9 ms