Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIG1P18858 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIG1P18858 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIG1P18858 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIG1P18858 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIG1P18858 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIG1P18858 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIG1P18858 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIG1P18858 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIG1P18858 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIG1P18858 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIG1P18858 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIG1P18858 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIG1P18858 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIG1P18858 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIG1P18858 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIG1P18858 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIG1P18858 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
LIG1P18858 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
LIG1P18858 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
LIG1P18858 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
LIG1P18858 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
LIG1P18858 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
LIG1P18858 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
LIG1P18858 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC21.08■□□□□ 0.96
LIG1P18858 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.9 ms