Protein–RNA interactions for Protein: P22415

USF1, Upstream stimulatory factor 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF1P22415 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF1P22415 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF1P22415 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF1P22415 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF1P22415 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF1P22415 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF1P22415 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
USF1P22415 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF1P22415 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF1P22415 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF1P22415 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF1P22415 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF1P22415 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF1P22415 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF1P22415 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF1P22415 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF1P22415 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF1P22415 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF1P22415 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF1P22415 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
USF1P22415 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF1P22415 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF1P22415 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
USF1P22415 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF1P22415 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF1P22415 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF1P22415 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF1P22415 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF1P22415 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF1P22415 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF1P22415 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF1P22415 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF1P22415 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF1P22415 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF1P22415 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF1P22415 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF1P22415 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.1 ms