Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 OPN5-204ENST00000489301 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 SLC2A5-201ENST00000377414 2344 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 SLC2A14-202ENST00000396589 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD4P09016 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.9 ms