Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 WDR25-202ENST00000402312 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms