Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
SYNE3Q6ZMZ3 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 DCHS2-201ENST00000339452 5064 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SYNE3Q6ZMZ3 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.6 ms