Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 SLC2A14-202ENST00000396589 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHMP4AQ9BY43 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP4AQ9BY43 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms