Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
COL6A1P12109 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.8 ms