Protein–RNA interactions for Protein: Q9H9Y2

RPF1, Ribosome production factor 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 349 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPF1Q9H9Y2 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
RPF1Q9H9Y2 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC27.12■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC27.12■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC27.1■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC27.1■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
RPF1Q9H9Y2 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
RPF1Q9H9Y2 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
RPF1Q9H9Y2 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
RPF1Q9H9Y2 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
RPF1Q9H9Y2 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
RPF1Q9H9Y2 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
RPF1Q9H9Y2 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
RPF1Q9H9Y2 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
RPF1Q9H9Y2 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
RPF1Q9H9Y2 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
RPF1Q9H9Y2 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
RPF1Q9H9Y2 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
RPF1Q9H9Y2 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
RPF1Q9H9Y2 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
RPF1Q9H9Y2 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
RPF1Q9H9Y2 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC27.02■■□□□ 1.92
RPF1Q9H9Y2 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
RPF1Q9H9Y2 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
RPF1Q9H9Y2 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
RPF1Q9H9Y2 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
RPF1Q9H9Y2 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
RPF1Q9H9Y2 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
RPF1Q9H9Y2 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
RPF1Q9H9Y2 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
RPF1Q9H9Y2 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
RPF1Q9H9Y2 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
RPF1Q9H9Y2 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
RPF1Q9H9Y2 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
RPF1Q9H9Y2 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
RPF1Q9H9Y2 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
RPF1Q9H9Y2 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
RPF1Q9H9Y2 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
RPF1Q9H9Y2 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
RPF1Q9H9Y2 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
RPF1Q9H9Y2 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
RPF1Q9H9Y2 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
RPF1Q9H9Y2 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
RPF1Q9H9Y2 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
RPF1Q9H9Y2 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
RPF1Q9H9Y2 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms