Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS35Q96QK1 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS35Q96QK1 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS35Q96QK1 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.8 ms