Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 MMEL1-201ENST00000378412 2849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 KSR1-201ENST00000268763 2806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 SPAG6-203ENST00000376624 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 BFSP1-205ENST00000536626 2075 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms