Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS39Q96JC1 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 91.6 ms