Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
CHMP4CQ96CF2 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHMP4CQ96CF2 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.7 ms