Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.2 ms