Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 HPGD-213ENST00000541923 2920 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.5 ms