Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms