Protein–RNA interactions for Protein: Q8IWP9

CCDC28A, Coiled-coil domain-containing protein 28A, humanhuman

Predictions only

Length 274 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28AQ8IWP9 COL5A1-201ENST00000371817 8471 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 NFATC4-231ENST00000557451 5613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 STARD7-201ENST00000337288 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 SPOCK1-202ENST00000394945 4846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 MAPK3-212ENST00000484663 2567 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 AC018716.2-201ENST00000528390 2597 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 UGT8-201ENST00000310836 4084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 FOXO3-201ENST00000343882 7308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 SLC2A6-201ENST00000371897 2301 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 EPHA8-201ENST00000166244 4943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 SH3BP2-207ENST00000503393 9158 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 AC008969.1-201ENST00000550135 6438 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 ZNF324B-201ENST00000336614 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 XK-201ENST00000378616 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 PPP1R21-201ENST00000281394 3137 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 CYP51A1-201ENST00000003100 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 TBC1D30-203ENST00000539867 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 AFAP1L2-202ENST00000369271 3964 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 APAF1-201ENST00000333991 4539 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 COL5A1-208ENST00000618395 8437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 PDE8B-201ENST00000264917 5956 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 ADAMTSL4-204ENST00000369041 2908 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 TRIM67-202ENST00000444294 9320 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 E2F3-201ENST00000346618 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 FBXO21-208ENST00000622495 6040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 SALL3-201ENST00000536229 3997 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 GTF3C4-201ENST00000372146 9043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 XRCC3-209ENST00000554913 2539 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 PDPK2P-201ENST00000382326 2387 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 MGME1-201ENST00000377704 1781 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 MAP7D1-204ENST00000373151 3324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 PRKAR2B-201ENST00000265717 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 CHTF18-202ENST00000317063 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 KCNQ2-236ENST00000637193 2983 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC28AQ8IWP9 GALNT16-202ENST00000448469 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.1 ms