Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 AC012615.5-201ENST00000592720 581 ntTSL 4 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL18A1P39060 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.2 ms