Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC24.45■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
HOXC9P31274 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.2 ms