Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC21.33■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms