Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms