Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC20.43■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 AC135776.2-201ENST00000567803 714 ntTSL 4 BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC20.4■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.4■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms