Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 METTL21A-202ENST00000406927 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 CTSG-201ENST00000216336 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms