Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC23.64■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
CHMP4AQ9BY43 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms