Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
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