Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC24.61■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXC9P31274 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.1 ms