Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS29Q9UBQ0 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC17.83■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms