Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
USP28Q96RU2 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC21.3■■□□□ 1
USP28Q96RU2 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
USP28Q96RU2 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
USP28Q96RU2 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP28Q96RU2 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC21.3■■□□□ 1
USP28Q96RU2 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
USP28Q96RU2 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP28Q96RU2 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USP28Q96RU2 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USP28Q96RU2 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP28Q96RU2 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC21.3■■□□□ 1
USP28Q96RU2 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USP28Q96RU2 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
USP28Q96RU2 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC21.3■■□□□ 1
USP28Q96RU2 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP28Q96RU2 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP28Q96RU2 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP28Q96RU2 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
USP28Q96RU2 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP28Q96RU2 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
USP28Q96RU2 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP28Q96RU2 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC21.27■■□□□ 1
USP28Q96RU2 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
USP28Q96RU2 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP28Q96RU2 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP28Q96RU2 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
USP28Q96RU2 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
USP28Q96RU2 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP28Q96RU2 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP28Q96RU2 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
USP28Q96RU2 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
USP28Q96RU2 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
USP28Q96RU2 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP28Q96RU2 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP28Q96RU2 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP28Q96RU2 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP28Q96RU2 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP28Q96RU2 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP28Q96RU2 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP28Q96RU2 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP28Q96RU2 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP28Q96RU2 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP28Q96RU2 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP28Q96RU2 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP28Q96RU2 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP28Q96RU2 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP28Q96RU2 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP28Q96RU2 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP28Q96RU2 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
USP28Q96RU2 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP28Q96RU2 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms