Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN9AQ15858 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms